Peñarol ha jugado en más de 30 oportunidades contra equipos argentinos por torneos CONMEBOL en este Siglo XXI, existiendo mucha paridad en la CONMEBOL Libertadores y un historial bastante desfavorable por la Sudamericana.
En cuanto a los partidos más recordados por Libertadores, se destaca principalmente la increíble y emocionante semifinal de 2011 ante Vélez Sarsfield.
Por CONMEBOL Libertadores
1. 6 de marzo de 2002. Peñarol 1 - 0 San Lorenzo. Grupo 3. Gol de Peñarol: Fabián Canobbio.
2. 9 de abril de 2002. San Lorenzo 0 - 2 Peñarol. Grupo 3. Goles de Peñarol: Gabriel Cedrés y Pablo Gaglianone.
3. 24 de febrero de 2011. Independiente 3 - 0 Peñarol. Grupo 8.
4. 2 de marzo de 2011. Godoy Cruz 1 - 3 Peñarol. Grupo 8. Goles de Peñarol: Juan Manuel Olivera (2) y Luis Aguiar.
5. Primero de abril de 2011. Peñarol 2 - 1 Godoy Cruz. Grupo 8. Goles de Peñarol: Juan Manuel Olivera y Nicolás Feitas.
6. 13 de abril de 2011. Peñarol 0 - 1 Independiente. Grupo 8. Copa Libertadores
7. 27 de mayo de 2011. Peñarol 1 - 0 Vélez. Semifinales. Gol de Peñarol: Darío Rodríguez.
8. 3 de junio de 2011. Vélez 2 - 1 Peñarol. Semifinales. Gol de Peñarol: Matías Mier.
9. 17 de febrero de 2012. Godoy Cruz 1 - 0 Peñarol. Grupo 8.
10. 19 de abril de 2012. Peñarol 4 - 2 Godoy Cruz. Grupo 8. Goles de Peñarol: Jorge Zambrana (2), Rodrigo Mora y Maximiliano Pérez.
11. 26 de febrero de 2013. Peñarol 0 - 1 Vélez. Grupo 4.
12. 12 de marzo de 2013. Vélez 3 - 1 Peñarol. Grupo 4. Gol de Peñarol: Fabián Estoyanoff.
13. 13 de marzo de 2014. Arsenal 1 - 0 Peñarol. Grupo 8.
14. 19 de marzo de 2014. Peñarol 2 - 1 Arsenal. Grupo 8. Goles de Peñarol: Luis Aguiar y Jonathan Rodríguez.
15. 2 de marzo de 2016. Peñarol 0 - 1 Huracán. Grupo 4.
16. 13 de abril de 2016. Huracán 0 - 0 Peñarol. Grupo 4.
17. 16 de marzo de 2017. Peñarol 2 - 1 Atlético Tucumán. Grupo 5. Goles de Peñarol: Lucas Hernández y Mauricio Affonso.
18. 3 de mayo de 2017. Atlético Tucumán 2 - 1 Peñarol. Grupo 5. Gol de Peñarol: Gastón Rodríguez.
19. 5 de abril de 2018. Peñarol 3 - 1 Atlético Tucumán. Grupo 3. Goles de Peñarol: Cristian Rodríguez, Fabián Estoyanoff y Rodrigo Rojo.
20. 3 de mayo de 2018. Atlético Tucumán 1 - 0 Peñarol. Grupo 3.
21. 6 de abril de 2022. Colón 2 - 1 Peñarol. Grupo G. Gol de Peñarol: Pablo Ceppelini.
22. 26 de mayo de 2022. Peñarol 2 - 1 Colón. Grupo G. Goles de Peñarol: Pablo Ceppelini y Hernán Menosse.
23. 4 de abril de 2024. Rosario Central 1 - 0 Peñarol. Grupo G.
24. 28 de mayo de 2024. Peñarol 2 - 1 Rosario Central. Grupo G. Goles de Peñarol: Leo Fernández (2).
25. 2 de abril de 2025. Vélez 2 - 1 Peñarol. Grupo H. Gol de Peñarol: Leo Fernández.
26. 29 de mayo de 2025. Peñarol 0 - 0 Vélez. Grupo H.
27. 12 de agosto de 2025. Peñarol 1 - 0 Racing. Octavos de final. Gol de Peñarol: David Terans.
28. 19 de agosto de 2025. Racing 3 - 1 Peñarol. Octavos de final. Gol de Peñarol: Nahuel Herrera.
Por CONMEBOL Sudamericana
1. 15 de octubre de 2014. Estudiantes 2 - 1 Peñarol. Octavos de final. Gol de Peñarol: Fabián Estoyanoff.
2. 22 de octubre de 2014. Peñarol 2 (1) - 1 (3) Estudiantes. Octavos de final. Goles de Peñarol: Gonzalo Viera y Jonathan Rodríguez.
3. 29 de octubre de 2020. Vélez 0 - 0 Peñarol. Segunda ronda.
4. 5 de noviembre de 2020. Peñarol 1 - 1 Vélez. Segunda ronda. Gol de Peñarol: Cristian Rodríguez.
5. 4 de mayo de 2023. Defensa y Justicia 4 - 1 Peñarol. Grupo F. Gol de Peñarol: Sebastián Rodríguez.
6. 7 de junio de 2023. Peñarol 0 - 3 Defensa y Justicia. Grupo F.
Por Copa Mercosur
1. 29 de julio de 2001. Peñarol 2 - 1 Vélez. Grupo D. Goles Peñarol: Luis Romero y Darío Rodríguez.
2. 23 de agosto de 2001. Talleres 1 - 1 Peñarol. Grupo D. Gol de Peñarol: Serafín García.
3. 18 de setiembre de 2001. Vélez 3 - 0 Peñarol. Grupo D.
4. 17 de octubre de 2001. Peñarol 1 - 3 Talleres. Grupo D. Gol de Peñarol: Álvaro PIntos.