En el Siglo XXI, Nacional ha enfrentado en más de cincuenta oportunidades a equipos argentinos por Torneos CONMEBOL.
Por ejemplo, la última vez que el Bolso alcanzó las semifinales de la CONMEBOL Libertadores fue en 2009, cayendo en esa instancia ante Estudiantes de La Plata.
A su vez, en el Tricolor se recuerdan las dos series perdidas por penales ante Boca Juniors (2016 y 2023).
Por CONMEBOL Libertadores
1. 13 de marzo de 2001. Nacional 1 - 0 San Lorenzo. Grupo 3. Gol de Nacional: Sergio Martínez.
2. 3 de mayo de 2001. San Lorenzo 2 - 0 Nacional. Grupo 3.
3. 5 de marzo de 2002. Nacional 2 - 2 Vélez. Grupo 5. Goles de Nacional: Richard Morales (2).
4. 11 de abril de 2002. Vélez 0 - 1 Nacional. Grupo 5. Gol de Nacional: Marco Vanzini.
5. 25 de febrero de 2003. Nacional 1 - 2 Racing. Grupo 6. Gol de Nacional: Horacio Peralta.
6. 9 de abril de 2003. Racing 4 - 1 Nacional. Grupo 6. Gol de Nacional: Benoît Angbwa.
7. 24 de febrero de 2004. Nacional 0 - 0 Independiente. Grupo 5.
8. 25 de marzo de 2004. Independiente 1 - 1 Nacional. Grupo 5. Gol de Nacional: Luis Romero.
9. 3 de marzo de 2005. River Plate 1 - 0 Nacional. Grupo 5.
10. 21 de abril de 2005. Nacional 1 - 3 River Plate. Grupo 5. Gol de Nacional: Gustavo Méndez.
11. 28 de febrero de 2007. Vélez 1 - 1 Nacional. Grupo 4. Gol de Nacional: Diego Vera.
12. 12 de abril de 2007. Nacional 2 - 0 Vélez. Grupo 4. Goles de Nacional: Diego Godín y Gonzalo Castro.
13. 20 de marzo de 2009. Nacional 3 - 0 River Plate. Grupo 3. Goles de Nacional: Álvaro Fernández, Nicolás Lodeiro y Mauricio Victorino.
14. 7 de abril de 2009. River Plate 0 - 0 Nacional. Grupo 3.
15. 26 de junio de 2009. Estudiantes 1 - 0 Nacional. Semifinales.
16. 2 de julio de 2009. Nacional 1 - 2 Estudiantes. Semifinales. Gol de Nacional: Alexander Medina.
17. 10 de marzo de 2010. Nacional 2 - 2 Banfield. Grupo 6. Goles de Nacional: Gustavo Varela y Mario Regueiro.
18. 16 de marzo de 2010. Banfield 0 - 2 Nacional. Grupo 6. Goles de Nacional: Sebastián Coates y Gonzalo Godoy.
19. 2 de marzo de 2011. Nacional 0 - 1 Argentinos Juniors. Grupo 3.
20. 15 de marzo de 2011. Argentinos Juniors 0 - 1 Nacional. Grupo 3. Gol de Nacional: Santiago García.
21. 7 de marzo de 2013. Boca Juniors 0 - 1 Nacional. Grupo 1. Gol de Nacional: Andrés Scotti.
22. 14 de marzo de 2013. Nacional 0 - 1 Boca Juniors. Grupo 1.
23. 27 de febrero de 2014. Newell’s 4 - 0 Nacional. Grupo 6.
24. 26 de marzo de 2014. Nacional 2 - 4 Newell’s. Grupo 6. Goles de Nacional: Juan Cruz Mascia y Andrés Scotti.
25. 25 de febrero de 2016. Rosario Central 1 - 1 Nacional. Grupo 2. Gol de Nacional: Nicolás López.
26. 14 de abril de 2016. Nacional 0 - 2 Rosario Central. Grupo 2.
27. 12 de mayo de 2016. Nacional 1 - 1 Boca Juniors. Cuartos de final. Gol de Nacional: Sebastián Fernández.
28. 19 de mayo de 2016. Boca Juniors 1 (4) - 1 (3) Nacional. Cuartos de final. Gol de Nacional: Daniel Díaz, en contra. Copa Libertadores
29. 9 de marzo de 2017. Lanús 0 - 1 Nacional. Grupo 7. Gol de Nacional: Hugo Silveira.
30. 24 de mayo de 2017. Nacional 0 - 1 Lanús. Grupo 7.
31. 14 de febrero de 2018. Banfield 2 - 2 Nacional. Tercera ronda. Goles de Nacional: Sebastián Fernández y Alfonso Espino.
32. 22 de febrero de 2018. Nacional 1 - 0 Banfield. Tercera ronda. Gol de Nacional: Matías Zunino.
33. 28 de febrero de 2018. Nacional 0 - 0 Estudiantes. Grupo 6.
34. 24 de mayo de 2018. Estudiantes 3 - 1 Nacional. Grupo 6. Gol de Nacional: Matías Zunino.
35. 17 de setiembre de 2020. Racing 0 - 1 Nacional. Grupo F. Gol de Nacional: Gonzalo Bergessio. Copa Libertadores
36. Primero de octubre de 2020. Nacional 1 - 2 Racing. Grupo F. Gol de Nacional: Alexis Soto, en contra. Copa Libertadores
37. 10 de diciembre de 2020. River Plate 2 - 0 Nacional. Cuartos de final. Copa Libertadores
38. 17 de diciembre de 2020. Nacional 2 - 6 River Plate. Cuartos de final. Goles de Nacional: Ayrton Cougo y Santiago Rodríguez. Copa Libertadores
39. 21 de abril de 2021. Argentinos Juniors 2 - 0 Nacional. Grupo F. Copa Libertadores
40. 27 de mayo de 2021. Nacional 2 - 0 Argentinos Juniors. Grupo F. Goles de Nacional: Gonzalo Bergessio y Brian Ocampo. Copa Libertadores
41. 14 de abril de 2022. Nacional 0 - 0 Estudiantes. Grupo C. Copa Libertadores
42. 27 de abril de 2022. Vélez 1 - 2 Nacional. Grupo C. Gol de Nacional: Emmanuel Gigliotti (2). Copa Libertadores
43. 4 de mayo de 2022. Estudiantes 1 - 0 Nacional. Grupo C. Copa Libertadores
44. 19 de mayo de 2022. Nacional 2 - 3 Vélez. Grupo C. Goles de Nacional: Diego Zabala y Emmanuel Gigliotti. Copa Libertadores
45. 3 de agosto de 2023. Nacional 0 - 0 Boca Juniors. Octavos de final. Copa Libertadores
46. 10 de agosto de 2023. Boca Juniors 2 (4) - 2 (2) Nacional. Octavos de final. Goles de Nacional: Alfonso Trezza y Juan Ignacio Ramírez. Copa Libertadores
47. 11 de abril de 2024. River Plate 2 - 0 Nacional. Grupo H. Copa Libertadores
48. 8 de mayo de 2024. Nacional 2 - 2 River Plate. Grupo H. Goles de Nacional: Gonzalo Carneiro (2). Copa Libertadores
Por CONMEBOL Sudamericana
1. 28 de setiembre de 2006. Nacional 2 - 1 Boca Juniors. Octavos de final. Goles de Nacional: Marcelo Tejera y Diego Alonso. Copa Sudamericana
2. 12 de octubre de 2006. Boca Juniors 2 (1) - 1 (3) Nacional. Octavos de final. Gol de Nacional: Diego Perrone. Copa Sudamericana
3. 23 de agosto de 2018. San Lorenzo 3 - 1 Nacional. Octavos de final. Gol de Nacional: Gonzalo Bergessio. Copa Sudamericana
4. 26 de setiembre de 2018. Nacional 2 - 0 San Lorenzo. Octavos de final. Goles de Nacional: Matías Zunino y Gonzalo Bergessio. Copa Sudamericana
5. 29 de junio de 2022. Nacional 2 - 0 Unión Santa Fe. Octavos de final. Goles de Nacional: Franco Fagúndez y Leandro Lozano. Copa Sudamericana
6. 6 de julio de 2022. Unión Santa Fe 1 - 2 Nacional. Octavos de final. Goles de Nacional: Ignacio Ramírez y José Luis Rodríguez. Copa Sudamericana
Por Copa Mercosur
1. 8 de agosto de 2001. San Lorenzo 2 - 0 Nacional. Grupo B. Copa Mercosur
2. 16 de octubre de 2001. Nacional 0 - 0 San Lorenzo. Grupo B. Copa Mercosur