Nacional tiene un historial favorable jugando ante equipos de Perú por torneos CONMEBOL.
Particularmente en este siglo XXI, el Bolso registra 15 victorias en 22 partidos, aunque sólo ganó una de las dos series ante elencos de este país, venciendo contra Alianza Lima por los cuartos de final de la Sudamericana 2002, pero cayendo ante Real Garcilaso en octavos de la Libertadores 2013.
Por CONMEBOL Libertadores
1. 6 de febrero de 2002. Sporting Cristal 3 - 4 Nacional. Grupo 5. Goles de Nacional: Richard Morales (2), Óscar Morales y Gustavo Méndez.
2. 14 de marzo de 2002. Nacional 1 - 0 Sporting Cristal. Grupo 5. Gol de Nacional: Óscar Morales.
3. 19 de marzo de 2003. Nacional 2 - 0 Universitario. Grupo 6. Goles de Nacional: Marco Vanzini y Marcelo Guerrero.
4. 16 de abril de 2003. Universitario 2 - 2 Nacional. Grupo 6. Goles de Nacional: Fabián O’Neill y Marcelo Guerrero.
5. 4 de marzo de 2004. Nacional 1 - 0 Cienciano. Grupo 5. Gol de Nacional: Fernando Machado.
6. 11 de marzo de 2004. Cienciano 1 - 2 Nacional. Grupo 5. Goles de Nacional: Sebastián Eguren (2).
7. 14 de febrero de 2008. Cienciano 2 - 1 Nacional. Grupo 4. Gol de Nacional: Mauricio Victorino.
8. 19 de febrero de 2008. Coronel Bolognesi 0 - 1 Nacional. Grupo 4. Gol de Nacional: Bruno Fornaroli.
9. 3 de abril de 2008. Nacional 1 - 0 Coronel Bolognesi. Grupo 4. Gol de Nacional: Deivis Barone.
10. 24 de abril de 2008. Nacional 3 - 1 Cienciano. Grupo 4. Goles de Nacional: Martín Ligüera, Mathías Cardacio y Diego Vera.
11. 12 de febrero de 2009. Nacional 2 - 1 Universidad San Martín de Porres. Grupo 3. Goles de Nacional: Federico Domínguez y Nicolás Lodeiro.
12. 22 de abril de 2009. Universidad San Martín de Porres 1 - 1 Nacional. Grupo 3. Gol de Nacional: Marcos Mondaini.
13. 14 de marzo de 2012. Alianza Lima 1 - 0 Nacional. Grupo 5.
14. 28 de marzo de 2012. Nacional 1 - 0 Alianza Lima. Grupo 5. Gol de Nacional: Tabaré Viudez.
15. 25 de abril de 2013. Real Garcilaso 1 - 0 Nacional. Octavos de final.
16. 9 de mayo de 2013. Nacional 1 (1) - 0 (4) Real Garcilaso. Octavos de final. Gol de Nacional: Gonzalo Bueno.
17. 4 de abril de 2018. Real Garcilaso 0 - 0 Nacional. Grupo 6.
18. 26 de abril de 2018. Nacional 4 - 0 Real Garcilaso. Grupo 6. Goles de Nacional: Sebastián Rodríguez, Guzmán Corujo, Leandro Barcia y Gonzalo Bergessio.
19. 6 de marzo de 2020. Alianza Lima 0 - 1 Nacional. Grupo F. Gol de Nacional: Santiago Rodríguez.
20. 22 de octubre de 2020. Nacional 2 - 0 Alianza Lima. Grupo F. Goles de Nacional: Gonzalo Bergessio y Alfonso Trezza.
Por CONMEBOL Sudamericana
1. Primero de octubre de 2002. Alianza Lima 1 - 0 Nacional. Cuartos de final. Copa Sudamericana
2. 22 de octubre de 2002. Nacional 3 - 1 Alianza Lima. Cuartos de final. Goles de Nacional: Pierre Webó (2) y Richard Morales. Copa Sudamericana